Heat Transfer Module предназначен для моделирования задач теплопередачи в произвольной комбинации теплопроводности, конвекции или излучения. Теплопередачу излучением можно рассматривать как излучение с поверхности на поверхность или с поверхности к окружающей среде. Heat Transfer Module содержит в себе краевые условия для слоев с высокой теплопередачей или наоборот задачи теплоизоляционных слоев. В 2D пространстве можно решать теплопередачу “out-of-plane” и пространстве 3D в Heat Transfer Module имеется специальное приложение для моделирования тонких скорлуп с высокой теплопроводностью. Все эти инструменты предназначены для уменьшения моделей, чтобы снизить требования по загрузке и по памяти компьютера. Как и у других модулей, также здесь имеются готовые сопряженные задачи (multiphysics problems), как например неизотермическое течение. Heat Transfer Module также предназначен для симуляции фазовых переходов, свободной и вынужденной конвекции, излучения включая все эти приложения в одну модель. Возможно также решать задачи теплопереноса в живых тканях при помощи уравнения для биологического тепла.