Database Toolbox propojuje MATLAB s většinou běžně používaných relačních databází včetně Oracle^®, SAS^®, MySQL^®, Sybase^®, Microsoft^® SQL Server^®, Microsoft^® Access^® a PostgreSQL^®. Database Toolbox podporuje příkazy jazyka SQL a navíc je vybaven grafickým nástrojem Database Explorer, který zpřístupní prakticky jakoukoli ODBC/JDBC kompatibilní databázi i těm uživatelům, kteří SQL neovládají.